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爱上命令行并深入

命令行是一个强大的工具，而我们大多数却都不会用，可以说没有命令行的世界等于你失去了一多半的乐趣和技能。

本文虫虫和大家一起来聊聊命令行，并教大家一起来学习命令，不管你是运维、开发、测试、DBA，甚至是项目经理、PM都能通过命令行获得很大的裨益。当然我们主要是以开发了主要受众来举例子说明。

日常编码时，你是选择集成开发环境IDE呢，还是文本编辑器（Vim、Emacs、sublime）+插件+命令行呢？
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打印特定行范围的多种方法（5-10行）

废话少说，直接撸代码：

perl -ne 'print if 5..10' xxoo  #感谢flw提醒，忘记这个了
perl -ne 'print if $.>=5 and $.<=10' xxoo
perl -ne 'print if int($.) ~~ (5..10)'
perl -ne 'print if grep { $_ == $. } 5..10'xxoo
sed -ne '5,10 p' xxoo
awk 'NR==5,NR==10' xxoo
head -10 xxoo |tail -6
tail -n +5 xxoo | head -n 6
grep . -n xxoo |grep -E "^(5|6|7|8|9|10):"|perl -lpe 's/\d+://'

perl -ne 'print if 5..10' xxoo #感谢flw提醒，忘记这个了

perl -ne 'print if $.>=5 and $.<=10' xxoo

perl -ne 'print if int($.) ~~ (5..10)'

perl -ne 'print if grep { $_ == $. } 5..10'xxoo

sed -ne '5,10 p' xxoo

awk 'NR==5,NR==10' xxoo

head -10 xxoo |tail -6

tail -n +5 xxoo | head -n 6

grep . -n xxoo |grep -E "^(5|6|7|8|9|10):"|perl -lpe 's/\d+://'

生信单行脚本

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本文总结了，生物信息处理过程中常见一些工具和单行命令等。

awk和sed基础

提取文件中的2, 4, and 5 列:

Shell

awk '{print $2,$4,$5}' file.txt

1	awk '{print $2,$4,$5}' file.txt

输出第五列等于abc123的行:

awk '$5 == "abc123"' file.txt

1	awk '$5 == "abc123"' file.txt

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nginx日志自动切割以清理

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按日自动切割nginx日志，并删除30（可自定义）天以上的日志。
脚本保存为 /nginx/logs/ngx_logcut.sh 并加入crontab中

#!/bin/bash
# 0 00 * * * /nginx/logs/ngx_logcut.sh  >/dev/null 2>&
pidfile=/var/run/nginx.pid
logpath='/nginx/logs/'
keepdays=30
logfiles=(access.log error.log)
cd $logpath

for logfile in ${logfiles[@]}; do
    if [ ! -e $logfile ];
    then
        continue
    fi
    find . -type f -name $logfile"20*" -mtime +$keepdays -exec rm {} \;
    mv $logfile $logfile$(date -d "yesterday" +"%Y%m%d")
done

kill -USR1 `cat $pidfile`