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生信单行脚本

本文总结了，生物信息处理过程中常见一些工具和单行命令等。

提取文件中的2, 4, and 5 列:

Shell

awk '{print $2,$4,$5}' file.txt

1	awk '{print $2,$4,$5}' file.txt

输出第五列等于abc123的行:

awk '$5 == "abc123"' file.txt

1	awk '$5 == "abc123"' file.txt